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まず参考にしたのは、
きりしま屋: MovableType 3.11-ja→3.121-ja

ここで紹介されている手順は、3.11 → 3.121だが、更新されたファイルの情報を得るために、
有限会社ラメイジュ: udm差分ファイル作成ツール
のFree Editionを利用するというもの。

差分を作成したときのログをエディタにコピー＆ペーストして、更新されているファイルと新規追加されているファイルを調べてみた。

【3.11-jaから3.15-jaで変更されたファイル】

mt-check.cgi
mt-upgrade31.cgi

docs/mtchanges.html
docs/mtinstall.html
docs/mtmanual.html
docs/mtmanual_comments.html
docs/mtmanual_configuration.html
docs/mtmanual_dynamic.html
docs/mtmanual_entries.html
docs/mtmanual_notifications.html
docs/mtmanual_tags.html
docs/mtmanual_templates.html
docs/mtmanual_trackback.html
docs/mtmanual_uploading.html
docs/mtmanual_weblog_config.html
docs/mtmanual_weblogs.html

lib/MT.pm

lib/MT/App.pm
lib/MT/App/CMS.pm
lib/MT/App/Comments.pm
lib/MT/Blog.pm
lib/MT/L10N/ja.pm
lib/MT/Mail.pm
lib/MT/Template/Context.pm
lib/MT/Util.pm

php/mt.php

php/lib/block.MTCalendar.php
php/lib/compiler.defun.php
php/lib/function.MTArchiveLink.php
php/lib/function.MTCommentAuthor.php
php/lib/function.MTCommentBody.php
php/lib/function.MTCommentEmail.php
php/lib/function.MTEntryTitle.php
php/lib/function.MTInclude.php
php/lib/function.MTRemoteSignInLink.php
php/lib/function.MTRemoteSignOutLink.php
php/lib/modifier.filters.php
php/lib/modifier.sanitize.php
php/lib/mtdb_base.php
php/lib/MTUtil.php
php/lib/MTViewer.php
php/lib/prefilter.mt_to_smarty.php

tmpl/cms/edit_entry.tmpl

tools/run-periodic-tasks

【追加されたファイル】
php/lib/sanitize_lib.php

あとは、mt-upgrade31.cgiのパーミッションを755に変更してブラウザから実行。

その後、mt-upgrage31.cgiを削除する。

なお、[O!]OMOTEYOMI!! PROJECT: Movable Type 3.15の気になるエラーを解決するにあるとおり、
lib/MT/App/CMS.pm
の2737行目を修正しないと、新規エントリでエラーが出るらしいので、これも施しておくこととする。

この件に関しては、eggsさんの情報を手がかりにさせてもらいました。

なお、もぐらくんドットコム：：ｂｌｏｇ:MovableTypeの脆弱性で導入したパッチプラグインは削除しておいた。